من أجل فهم أفضل لعلة تغییر ابن سینا لترتیب أبواب کتب المنطق ینبغی التذکیر بعدة ملاحظات، لقد أبدع بن سینا فی المنطق فی مجالین:

1. الابداع فی المسائل المنطقیة    

2. الابداع فی هیکلة تألیف المنطق.

و ابداعه الثانی ناشئ من مناقشته فی أمرین فی هیکلة المنطق: المناقشة الاولی تتضح فی حذفه لبعض المباحث المنطقیة و کمثال علی ذلک فقد حذف قسم المقولات من علم المنطق، و مناقشته الثانیة هی التفاته الی الثنائیة الاساسیة فی متعلق المنطق. ان ابن سینا استلهم فی الواقع من ابداع الفارابی فی تقسیم العلم الی التصور و التصدیق،[1] فالتفت الی الثنائیة فی عمل الذهن فجعل ذلک اساساً لکتابة منطقه الجدید:

کما ان العلم اما ان یکون تصوراً ساذجاً او تصوراً مع تصدیق، کذلک متعلق الجهل ایضاً فهو اما یکون أمراً تصوریاً لا یعرف الاّ عن طریق التعریف، و اما ان یکون أمراً تصدیقیاً لا یعرف الا عن طریق التعلیم. ان جهود العلماء فی العلوم هی اما فی مجال الحصول علی التصور أو بهدف حصول التصدیق. و بناء علی هذا فان المناطقة یتکفّلون بامرین: الاول: معرفة مبادئ القول الشارح (التعریف) و کیفیة تألیفه، و الثانی، معرفة مبادئ الحجة (الاستدلال) و کیفیة تألیفه.[2] أی ان الثنائیة الاساسیة فی التفکیر أوجبت الثنائیة فی قواعد و مباحث المنطق، و هذه ملاحظة اکتشفها ابن سینا و کتب علی أساسها المنطق الثانی و الذی یعدّ الیوم من الامور البدیهة.

لقد حصل العلماء المسلمون علی‌ علم المنطق عن طریق انتقال آثار ارسطو و شرّاحها الیونانیین، فقد تم جمع آثار ارسطو بعد موته بالتدریج حیث جری تجمیع آثاره المنطقیة بعد قرون من وفاته و بعد تدوین سائر آثاره تقریباً فی العصر البزنطی. و فی هذا التدوین صدرت أولاًً‌ مجموعة سمیت "بـارغانون" بسبب اعتبارها أدوات بالنسبة لعلم المنطق و هی عبارة عن ست رسائل هی [قاطیغوریاس – باریر میناس (مقدمة الموصل التصدیقی، بحث القضایا)، و انولوملیقا (القیاس)، و انولوملیقا الثانی (البرهان) و طوبیقا (الجدل)، و سو فسطیقا (السفسطة)] و مجموعتان اختلف فیهما فجعلها حکماء الاسکندریة من جملة الآثار المنطقیة لارسطو و هما [ریطوریقا (الخطابة) و ابوطیقا (الشعر)]. ثم نظم فرفوریس الصوری أیضاً مقالة صغیرة اسمها (الایساغوجی) و جعلها مقدمة للقسم الاول من (الارغانون). و مباحث هذه المقالة مقتبسة من رسالتی البرهان و الجدل و قد وقعت هذه المقالة منذ زمن کتابتها مورداً للاستفاده فی فهم مفاهیم و تعالیم الارغانون من قبل المتعلمین و المحققین فی المنطق.

و بهاذا اصبح الارغانون او منطق ارسطو متألفاً من تسعة اقسام. و قد تعرف المسلمون بالتدریج علی الأقسام التسعة للمنطق الارسطی، فکان المعلمون المسیحیون یتصدون للتعلیم فی المدارس الی القرن الثالث فیعلمون أبواب الایساغوجی (المدخل) و القاطیغوریاس (المقولات) و الباریرمیناس (بحث القضایا) و انولوملیقا (القیاس) فقط، و حین سیطر المسلمون علی ادارة المدارس و امور التعلیم صار تعلیم المنطق شاملاً لجمیع الاقسام التسعة. فکان الفارابی و تلامیذه قد تعرفوا علی مجموع الاقسام التسعة لمنطق ارسطو. و بناء علی هذا فقد کان المنطق ذو الاقسام التسعة أول طریقة انتشرت بین علماء المسلمین فی تألیف المنطق.

و بالالتفات الی ابتکار الفارابی فی کشف الثنائیة فی عمل الذهن و تبع ذلک قیامه بتقسیم العلم الی التصور و التصدیق، فقد قام ابن سینا بتغییر ابواب المنطق، و کتابه (الاشارات و التنبیهات) هو نقطة البدایة فی تألیف المنطق الجدید، و هی الطریقة التی بدأ تجربتها فی کتاب (مفکرة العلائی) و تابعها فی (ارجوزة و منطق المشرقیین).

ان الملاحظة التی اکتشفها ابن سینا و وقعت مورداً للبحث و النزاع من قبل المتأخرین، تعد الیوم من الامور البدیهیة.

ان استقلال منطق التعریف و تقدیمه علی منطقه الاستدلال، هو نتیجة لمناقشة ابن سینا فی الهیکلة القدیمة لتألیف المنطق، فکانت القضایا المتعلقة بالمنطق ذی الاقسام التسعة متفرقة و تبحث فی البرهان و الجدل. حیث یتعرض البرهان للبحث عن (الحد) بحسب الحقیقة بینما یتعرض الجدل للبحث عن الحد و الرسم بحسب الشهرة و یحلّل مواضع الخلل فیه.

و من ابداعات ابن سینا الاخری الحذف و الاختصار فی الصناعات الخمسة و حصر الترکیز علی مباحث البرهان و المغالطة و نقل المباحث المتفرقة للعکوس من باقی الاقسام الی مباحث القضیة و اعتبارها من أحکام القضایا و علاقاتها کالتناقض.

و لا ینبغی اختصار ابتکار ابن سینا فی المنطق الارسطی فی القضایا الشکلیة من تغییر المواضع و حذف و اضافة المباحث، ان ابداعات ابن سینا فی علم المنطق أثمرت قراءة جدیدة فی‌ الاسس و المسائل المنطقیة. فابن سینا هو من المفکرین البارزین فی تاریخ الاسلام. ان المنطق الثنائی الذی تکامل بالتدریج یختلف عن المنطق ذی الأقسام التسعة فی الموارد التالیة:

1. ان المنطق علی أساس ثنائیة الهدف و المتعلق له قسمان رئیسان: التعریف و الاستدلال، و باقی المباحث هی اما مقدمة لهذین القسمین او من ضمائم المنطق.

2. ان بحث الدلالة فی المصادر القدیمة هو مجرد مقدمة لکتاب باریرمیناس (بحث القضایا) فی حین فی المنطق الثنائی بحث فی بدایة علم المنطق و هو بمنزلة الاساس لهذا العلم.

3. بحث النسب الاربعة بین المفاهیم الکلیة طرح فی هذا التدوین للمنطق بشکل مدون و فی فصل مستقل، فکما ان (الایساغوجی) مدخل منطق المفاهیم، کذلک النسب الاربعة ایضاً هی مدخل لمنطق التصدیقات.

4. بحث العکوس، تم جمعه من الأقسام المختلفة للمنطق و جعله بشکل مستقل علی غرار مباحث التناقض. و طرحت هذه البحوث ابتداءً بعنوان احکام للقضایا و علاقاتها ثم طرحت بعنوان القواعد الاستثنائیة (الاستدلال المباشر).

5. الاقسام الخمسة الأخیرة فی المنطق ذی التسعة أقسام لیست من المنطق الصوری و لهذا السبب فقد جعل مجموع هذه المباحث قسماً واحداً و ضمه الی المنطق. و قد اکتفی أکثر المؤلفین فی المنطق الثنائی – و تبعاً لاشارات ابن سینا – ببحث البرهان و المغالطة فقط و قد ذکر بعضهم جمیع الصناعات باختصار.

6. المنطق الثنائی یمتاز عن المنطق ذی الاقسام التسعة بسیطرة أکثر فی طرح القضایا فالقضیة الطبیعیة، القضایا الثلاثیة، القضیة سالبة المحمول تحلیل معنی القضیة و انعکاس السالبة الجزئیة الوجودیة و الاعتبار الاقترانی من الشکل الرابع، هی من ثمرات المنطق الثنائی، فهذه المباحث اهتم بها أولاً مؤلفوا المنطق الثنائی.[3]