یکی از عواملی که سبب ایجاد اختلاف در مورد محل دقیق دفن پیکر مطهر امام علی(ع) شده است،مخفی بودن مزار ایشان برای سالیانی نسبتاً طولانی بوده است. دوران حکومت امام علی(ع) را می‏توان پر آشوب‏ ترین دوران تاریخ اسلام نام نهاد و می‏توان گفت که در زمان هیچ یک از حاکمان قبل و بعد از ایشان فتنه و آشوب‏های خانگی تا این حد برپا نشده است و صاحبان زر و زور و تزویر به این اندازه فعال نبوده اند.

مشخص بود که این دشمنی‏ها با شهادت ایشان پایان نمی یافت و کینه ورزان همواره در صدد انتقام جویی بر می آمدند.

ریشه اصلی اختفای مزار آن حضرت را باید در فراوانی و شدّت دشمنی‏ها نسبت به ایشان جستجو کرد. معاویة بن ابی سفیان دشمنی را با امام علی (ع) به آن مرحله رسانید که سب و لعن علی(ع) را بر منابر رایج نمود و در قنوت نماز خود، امیر مؤمنان (ع) را لعن می‏کرد!این دشمنی‏ها و کینه‏توزی‏ها باعث شد تا فرزندان امام علی(ع) از بیم دشمنی‏های بنی‏امیه و وصیت خود آن حضرت، ایشان را مخفیانه  دفن کنند و طی سال‏های متمادی قبر آن حضرت را پوشیده نگه دارند زیرا چه بسا ممکن بود مرقد ایشان را نیز مورد جسارت و بی حرمتی قرار دهند.

البته شاید مصالح دیگری نیز در نظر آن بزرگوار بوده باشد مانند آنکه جان شیعیانشان حفظ شود زیرا به دلیل ارادت شدید دوستان و شیعیان، در صورت آشکار بودن مرقد مبارک، آنان برای زیارت به بارگاه ملکوتی آن امام مشرّف شده و مورد شناسایی دشمنان قرار گیرند. بر این اساس مخفی بودن مرقد مبارک در دوران بنی امیّه و اوائل دوران بنی عباس ممکن است باعث حفظ جان بسیاری از شیعیان شده باشد.

البته اخباری که از اهل بیت (ع) در موضع دفن حضرت در مکان فعلی است به حد تواتر است[1] و به این جهت مورد اجماع علمای شیعه و بسیاری از عامه قرار گرفته است.

در پایان متذکر می شویم از آنجا که عده ای از مخالفان جوی روانی علیه شیعه به راه انداختند و با شبهاتی در صدد انکار دفن حضرت علی (ع) در مکان فعلی بر آمدند، دانشمندان شیعه با تألیف کتاب هایی در این زمینه به این شبهات پاسخ گفته اند.[2]