در این باره بین منابع و کتب انساب اختلاف وجود دارد. در منابع تا پنج پسر نیز به ایشان نسبت داده شده است، اما آنچه همه منابع درباره‌اش اتفاق نظر دارند، این است که فرزندان ذکور ایشان دو نفر بوده‌اند: امام علی الهادی و موسی مبرقع. به این دو فرزند ایشان در همه منابع اشاره شده است.[1]

با این حال در منابع قدیمی تنها "ابن عنبه" در کتاب "عمدة الطالب" چهار پسر برای ایشان بیان کرده است: امام هادی، موسی مبرقع، حسن و محمد.[2]

در برخی کتاب‌های انساب که در دوره اخیر نوشته شده است، می‌توان به نام پنج فرزند پسر برای امام جواد رسید: امام هادی، موسی مبرقع، محمد، علی و یحیی.[3]

به نظر می‌رسد علت همه این اختلافات تفاوت گزارشاتی است که در منابع اولیه وجود داشته است و یا شاید علت آن این باشد که از برخی از این افراد نسلی باقی نمانده و از برخی از آنها نسلی وجود دارد.

آنچه مسلم است، این است که از امام هادی و موسی مبرقع نسلی به جا مانده است. نسل موسی مبرقع که خودش در قم مدفون است، اکنون در قم و شهرری حضور دارند.[4] هر چند امروزه خاندانی در عراق خود را به یحیی فرزند امام جواد (ع) منتسب می دانند[5]، اما این در منابع تاریخی نیامده است.