بحث تشکیک در ماهیت در جائی قابل تصور است که یک ماهیت واحد مانند سیاهی، ظلمت، نور و ... دارای درجات شدت و ضعف باشد. همچنین معانیی مانند انسانیت، علم، حیات و... را هم می توان از این دیدگاه دارای تشکیک دانست.

تشکیک در ماهیت یکی از مباحث اختلافی بین فلاسفه مشاء و اشراق است و فلاسفه مشاء قول به تشکیک در ماهیت را جایز نمی دانند و آنچه به نظر تشکیک در ماهیت می آید را این گونه تفسیر کرده اند که: وقتی گقته می شود مثلاً این سیاهی شدیدتر از سیاهی دیگر است معنایش این است که یکی از آن دو در خصوصیت فردی خود به گونه ای است که کمالی نسبت به دیگری دارد، نه این که آن معنای مشترک از حیث معنا دارای شدت و ضعف باشد[1].

ولی رواقیون یا همان فلاسفه اشراق تشکیک در ماهیت را جایز می دانند از جمله شیخ اشراق برای اثبات تشکیک در ماهیت چنین استدلال کرده است:

 در یک مقدار تام و ناقص، زائد بودن یکی بر دیگری امری عرضی نیست بلکه تفاوت در مقادیر به نفس مقدار است و آن امر زائد چیزی خارج از "مقدار" نیست بلکه آن زیادتی که در یکی هست با آن مقدار مساوی و مشترک  از یک حقیقت است پس اختلاف طولی بین دو خط به عنوان مثال، بدلیل کمال یکی و نقص دیگری است همچنین است  بین سیاهی تام و ناقص، چرا که هر دو در سیاه بودن مشترکند و چیزی که باعث افتراق آنها شده است امری خارج از سیاهی نیست پس اختلاف در نفس سیاهی است و این همان معنای تشکیک است[2].

این استدلال را ملاصدرا در جلد اول از "اسفار اربعه" ضمن مباحث وجود مطرح کرده سپس به اشکالاتی که بر این استلال وارد شده  نیز پرداخته است، ولی در نهایت حق را به رواقیون داده و تشکیک در ماهیت را جایز دانسته است[3].

وی در کتاب دیگر خود "شواهد الربوبیه" که بعد از اسفار به نگارش در آمده، چنین آورده است:

تفصیل این بحث را در اسفار آورده ایم و در آنجا جانب قول به اشدیت (تشکیک در ماهیت) را ترجیح داده ایم و در اینجا می گوئیم این تفاوت [در شدت و ضعف ماهیات مثل سیاهی تام و ناقص] بازگشتش به تفاوت در انحاء وجودات است چرا که وجود در نفس خود دارای اطوار مختلفی است که معانی و ماهیات هم راجع به همین اطوار هستند[4].

بنابراین می توان گفت، ملاصدرا تشکیک در ماهیت را پذیرفته اما بنا بر قول به اصالت وجود و اعتباری بودن ماهیت این تشکیک در ماهیت را برخواسته از تشکیک در وجود دانسته است. شاید دلیل این قول هم ناتمام بودن ادلّه کسانی بوده است که تشکیک در ماهیت را جایز ندانسته اند.