قبل از طرح دیدگاه امام خمینی(ره) نسبت خواجه نصیر الدین طوسی، از باب مقدمه باید گفت؛ فلسفه صدرایی به دلیل قدرت بیان، استحکام مبانی و جذابیت، متفکران بعدی را مجذوب خود نموده است؛ به همین جهت امام خمینی از نظر فلسفی صدرایی است. اصولاً نمی‌توان نظر فلاسفه‌ی تابع ملا صدرا را در مورد فیلسوفان غیر صدرایی به صورت عام بیان کرد؛ چرا که مسلک ملا صدرا از نظر شیوه بحث و چینش مطالب کاملا متفاوت با فلسفه‌های پیش از او است. خواجه نصیر الدین طوسی هر چند فیلسوفی کاملا مشایی یا کاملا اشراقی نیست، بلکه او را باید فیلسوفی نیمه مشاء و نیمه اشراقی دانست؛[1] ولی  فلسفه صدرایی نیمه مشایی و نیمه اشراقی نیست، بلکه فلسفه جدیدی است؛ طبیعی است که تابعین او نیز جدای از آن دو فلسفه خواهند بود. اما با مراجعه به مسائل جزئی‌تر و نیز شیوه‌ی نقل قول یک فیلسوف در خلال مباحث فلسفی، شاید بتوان به کلیتی از نظر او در مورد نظرات فیلسوف دیگر پی‌برد، هر چند بگوییم کل فلسفه‌ی او را قبول ندارد. با مراجعه به نقل قول‌های امام خمینی از خواجه نصیر در خلال مباحث، به این نکته می‌توان پی‌برد که خواجه طوسی از دیدگاه امام خمینی فیلسوفی بزرگ و محققی ارزش‌مند است؛ چنان‌که در پاره‌ای از مباحث فلسفی نیز دیدگاه خاص خواجه را بر دیدگاه دیگران ترجیح می‌دهد و می‌پذیرد.

به عبارت دیگر، شاید امام خمینی فیلسوفی مشاء نباشد، ولی به یقین در موارد زیادی (همانند خود ملا صدرا) نظرات مشاء را قبول دارد، و از طرفی خواجه نیز در مواردی نظرات جدیدی ارائه کرده که می‌توان با مراجعه به نظرات امام در آن زمینه‌ها و شناسائی ردود و تأییدات وی در مورد نظرات خواجه، به کلیتی از نظر امام در مورد فلسفه ایشان دست یافت.

به عنوان مثال امام خمینی در کتاب سر الصلوة، در بحث علم الاهی که بحثی فلسفی-عرفانی- کلامی است، از خواجه با این عناوین و القاب یاد کرده‌اند و نظر ایشان را پذیرفته‌اند: «شیخ جلیل اشراقی و فیلسوف عظیم الشأن طوسى- قدس سره-».[2] یا در کتاب چهل حدیث از ایشان به «محقق مدقق طوسی و حکیم عظیم قدوسى، عطّر اللّه مرقده» و «محقق طایفه حقه و مدقق فرقه محقّه، کامل در علم و عمل، نصیر الدین طوسى، قدّس اللّه نفسه القدوسى» و نیز «و جناب افضل المتأخرین و اکمل المتقدمین، خواجه نصیرطوسى، قدّس اللّه سرّه القدّوسى،» تعبییر نموده اند که حاکی از قدر و منزلت این فیلسوف الاهی در منظر حضرت امام است.[3]

در بررسی مباحث فلسفی نیز، شاهدیم که امام در مواردی مؤید خواجه در برابر قول بوعلی و سایر فلاسفه می‌شوند. به عنوان مثال در بحث اقسام امکان، امام مؤید قول خواجه است در عدم وجود هرگونه رتبه‌ای بین چیزی که علت ناقصه آن موجود است و چیزی علت ناقصه آن معدوم می‌باشد. وی امکان استقبالی را مانند خواجه نفی می‌کند[4]. یا در بحث علم خداوند متعال به مخلوقات، مؤید قول خواجه می‌شود و رد شبهات از این قول می‌کند و برهان خواجه برهان را متین‌تر از برهان شیخ اشراق می‌داند.[5]

توضیح این‌که شیخ اشراق علم الاهی را عین مخلوقات می‌داند؛ یعنی برخلاف مشاء که صورت‌های علمی را واسطه قرار داده بودند و می‌گفتند خدا به واسطه‌ی این صور به اشیای خارجی علم دارد، شیخ اشراق با حذف وساطت صور علمی، یک گام به جلو نهاد. وی می‌گوید چگونه در علم نفس به صورت‌های علمی خود واسطه‌ای وجود ندارد با این‌که بین ماهیت نفس با ماهیت صورت های علمی تغایر وجود دارد، پس چگونه در علم حضرت حق به مخلوقات به واسطه صورت‌های علمی محقق می‌شود؛ بنابر این سلسله نظام وجودی عالم که مخلوق حضرت بارى بوده که علتى فوق او نبوده و او صرف الوجود مى‏باشد و هیچ شائبه ماهیتى که موجب غیریت باشد در او نیست، عین علم حق تعالى و معلوم بالذات او است.

در حالی که خواجه علم واجب به مخلوقات را از راه علم واجب به ذات خود درست می‌کند، وی با این استدلال پیش می‌رود که ذات خداوند متعال، علت جمیع ماسوى است و حضرت حق، عالِم به ذات خویش است، بنابراین علم به ذات، علت علم به همه معلولات و ماسوی است؛ زیرا علم به سبب، علت علم به مسبب نیز هست. نیز بدون تردید علم حق متحد با ذات حق و عین او است. به این دو مقدمه قاعده «الواحد لایصدر منه الّا الواحد» را ضمیمه مى‏نماییم تا نتیجه دهد که این معالیل و وجودات عینی، عین علم حق مى‏باشند و الّا تخلف یکى از مقدمات لازم مى‏آید، در صورتى که قابل تخلف نیست.

همچنین در برخی مباحث جزیی در بحث تجرد نفس ناطقه، امام خمینی (ره) از نظریات خواجه طوسی دفاع کرده و اشکالات صدرالمتألهین بر خواجه را وارد نمی‌داند.[6]

البته امام نقدهایی هم بر اقوال خواجه دارند و این‌گونه نیست که در همه جا مؤید نظرات ایشان باشند. به عنوان مثال در بحث تعداد نفوس فلکی نظریه محقّق طوسی را نپذیرفته است[7]. البته شرح و توضیح این مباحث فرصت بیشتری می‌طلبد که به جهت رعایت اختصار از پرداختن به آن خودداری می‌کنیم.

در نهایت به طور کلی می‌توان گفت که خواجه در نظر امام فیلسوفی توانا و قوی است که در حل مسائل نظراتی قابل قبول ارائه نموده است.