ملاصدرا از جمله فلاسفه‌ای است که نه تنها در برخی از مسائل فلسفی دست به ابتکار و نوآوری زده، بلکه از جمله افرادی به شمار می‌رود که مکتب فلسفی جدیدی بنا نهاده است. در این‌جا به چند مورد از ابتکارات ملاصدرا که بسیاری از فلاسفه به آنها اشاره کرده‌اند می‌پردازیم:
1. تشکیک خاصی: ملاصدرا قائل به نوعی از تشکیک در وجود است که حدّ فاصل میان تشکیک مشائی(عامّی) و عرفانی(خاص الخاصی) است و از آن به تشکیک خاصّی یاد می‌شود.
فلاسفه‌ی مشاء معتقد بودند که برخی از مفاهیم به صورت تشکیکی بر افراد خود حمل می‌شوند. به عنوان مثال، سفیدی به صورت یکسان بر برف و انسان سفید پوست حمل نمی‌شود، بلکه آنها دو نوع مختلف از سفیدی به شمار می‌روند. در مقابل، مفاهیم متواطئ مانند انسان یا درخت که به صورت یکسان بر مصادیق خود حمل می‌گردند. در تشکیک عامّی، سبب اشتراک، غیر از سبب اختلاف است؛ مثلاً سفیدی، در برف و انسان در ویژگی قابضیت بصر،(زنندگی چشم) مشترک‌اند، و اختلافشان در این است که یکی دارای مقداری از سیاهی و تیرگی در خود است، اما دیگری دارای این رنگ زاید نمی‌‌باشد.
 اما طبق نظر ملاصدرا، «وجود» دارای نوعی از تشکیک است که در آن، وجه تمایز دو موجود به همان وجه اشتراکشان که «وجودشان» است بازگشت می‌نماید و در حقیقت همان وجودشان است که از یکدیگر متمایز می‌شوند. همان‌گونه ‌که در همان وجود داشتن با یکدیگر شریک‌‌اند.[1] به همین جهت گفته می‌شود که مابه الامتیاز عین ما به الاشتراک است.[2]
2. علم اجمالی الهی در عین کشف تفصیلی: یکی دیگر از ابتکارات ملاصدرا در زمینه‌ی مسائل فلسفی، علم اجمالی الهی در عین کشف تفصیلی است که پیش از او قائلی (در میان مشائین و اشراقیون) نداشته است.
 فلاسفه‌ی مشاء معتقد بودند که خداوند متعال فاعل بالعنایه است؛ به این معنا که پیش از خلق کردن، دارای علمی زاید بر ذاتش است و همین علم زاید بر ذات، منشأ صدور افعال او خواهد بود. مثالی که حکمای مشاء برای فاعل بالعنایه می‌آورند این است که انسانی که در لبه پرتگاه بسیار مرتفع قرار گرفته است، برای سقوط کردن کافی است خود را در حالت سقوط تصور کند. در این صورت به مجرد تصور سقوط، از ارتفاع سقوط نموده و نیازمند انجام فعلی دیگر نیست.[3]
فیلسوفان اشراقی خدای متعال را فاعل بالرضا معرفی نموده‌‌اند. طبق این بیان، خداوند پس از خلق کردن، دارای اراده و علم نسبت به مخلوقات خویش است و علم او نیز به صورت تفصیلی به افعال خود است، اما پیش از خلق کردن فقط به ذات خودش علم دارد و علم او نسبت به مخلوقاتی که بعداً قرار است ایجاد کند، یک علم اجمالی است؛ به این معنا که می‌داند ذاتش به گونه‌ای است که بعداً مخلوقاتی را ایجاد خواهد نمود، اما نسبت به ویژگی‌ها و خصایص آنها و جزئیات وجودیشان علمی ندارد. مثالی که حکمای اشراق برای فاعل بالرضا بیان می‌نمایند ایجاد صور خیالی جدید نزد انسان است که قبل از ایجاد این صور، صرفاً علم اجمالی به این‌که قرار است یک صورت خیالی جدیدی را در ذهن خود پدید آورد داشته، اما از جزئیات آن خبری ندارد و فقط پس از ایجاد آن صورت است که آن‌را به صورت تفصیلی می‌یابد.[4]
اما ملاصدرا هیچ‌یک از این دو علم را برای خداوند متعال پیش از خلق نمودن کافی ندانسته و معتقد است که خداوند متعال پیش از خلق کردن، عالِم به مخلوقات خویش بوده و این علم او در عین بساطت و عدم راه‌یابی ترکیب به آن (اجمال)، به صورت تفصیلی و کامل (با تمام جزئیات) است، به گونه‌ای که هیچ امری از حیطه آن خارج نمی‌باشد.[5]
3. جسمانیة الحدوث و روحانیة البقاء بودن نفس: ملاصدرا در مباحث «نفس» نظریه‌‌ای ابتکاری ارائه نموده که به تصریح اهل فنّ، از زیربنایی‌ترین مباحث برای مسئله معادشناسی به شمار می‌رود. حکمای پیش از ملاصدرا یا قائل به این بودند که نفس انسانی قدیم زمانی بوده و حدوث آن ارتباطی با حدوث بدن ندارد، یا این‌که قائل بودند نفس انسانی حادث به حدوث بدن است و با از بین رفتن بدن نیز نفس از بین خواهد رفت. ملاصدرا در ابتدای تطورات فکری‌‌اش، نظریه اول که متعلق به ارسطو، ابن سینا و... است را پذیرفته بود، اما پس از طرح‌ریزی حکمت متعالیه، نظریه‌‌ای جدید را عنوان نمود. طبق این نظریه، نفس دارای حدوثی جسمانی است، اما بقای آن روحانی بوده و بدون نیاز به بدن، نشئات مختلف را طیّ می‌نماید.[6] تبیین این نظریه و اثرات آن در بحث معاد نیازمند مجالی دیگر خواهد بود.
علاوه بر این موارد، نظریات متعدد دیگری نیز وجود دارد که از ابتکارات ملاصدرا به شمار رفته و حکمای پیش از او چنین نظریاتی را عنوان ننموده‌اند؛ اما به جهت ضیق مقام از ذکر آنها خودداری می‌نماییم.[7]
اما در مورد این‌که چرا ملاصدرا نظریات دیگر حکما را بدون استناد به گویندگان آنها در کتب خویش بیان می‌نماید؟ باید گفت؛ این روش هرچند در حال حاضر مورد پسند اهل علم نیست، بلکه امروزه هر نوشتاری به عنوان یکی از حقوق معنوی مطرح بوده و متخلفان تحت پیگرد قرار قانونی می‌گیرند؛ اما در زمان‌‌های گذشته اینگونه نبود و نقل یک مطلب بدون ذکر مبتکر آن، سرقت علمی به شمار نمی‌آمد.[8] دلیل این مطلب نیز آن است که در مباحث علمی بویژه علوم عقلی، بررسی اصل یک نظریه مهم‌تر از بررسی قائلین به آن نظریه، مورد توجه محققان است؛ بلکه ممکن است مطلبی بدون این‌که قائلی برای آن وجود داشته باشد، مورد نقد و بررسی قرار بگیرد.
این پسندیده نیست که فردی ابتکار دیگران را ابتکار خود اعلام کرده و یا چنین وانمود کند که او اولین فردی است که چنین کشفی کرده است، اما نقل ابتکار دیگران – حتی بدون ذکر مبتکر – ایرادی ندارد. به عبارتی، باید بین این‌که یک نویسنده مطلبی را به خود نسبت دهد اما از خود او نیست، با جایی که مطلبی را بدون استناد ابتکار آن به خویش، مورد تأیید قرار می‌دهد، تفاوت گذاشت؛ یعنی بیان مطالب دیگران - که مورد تأیید نویسنده است - بدون ذکر منبع ، تا حدودی معقول و مقبول است؛ البته به شرط این‌که آن مکتوب مانند پایان‌نامه نباشد که نقل مطالب بدون استناد به معنای ابتکاری بودن آن و مستند به صاحب اثر است.

---