علی (ع) در مدت کوتاه خلافت پنجساله خویش با سه گروه به جنگ پرداخت. اولین جنگ که به جنگ جمل شهرت یافت به نفع ایشان خاتمه یافت ولى این فتح و پیروزى او را براى همیشه آسوده نکرد بلکه مدعى و رقیب دیگرى مانند معاویة بن ابی ‎ سفیان در شام بود که از زمان خلافت عمر در آن شهر فرمانروائى کرده و از دیر باز در حکومت آن ناحیه چشم طمع دوخته بود و همو خواست که تا آخر عمر در آنجا مستقلا امارت نماید بدین جهت على (ع) به دلیل وظیفه سنگینی که در نگه داشتن جامعه اسلامی از انحراف بر عهده اش بود، ناچار شد که فتنه این رقیب حیله‏گر و پیروانش را که به قاسطین مشهور بودند از میان بردارد .

على (ع) پس از انتخاب شدن به خلافت در مدینه در صدد برقراری نظم و اتحاد جامعه اسلامی با خاموش کردن فتنه شامیان بود که با فتنه جمل در بصره مواجه شد که در آنجا بیعت شکنان نماینده او را بیرون کرده و به آشوب پرداختند لذا موقتا از تصمیم اولیه خود منصرف شده و راه بصره را در پیش گرفت و علت تصمیم آن حضرت براى حرکت به سمت شام این بود که معاویه در پاسخ نامه او نه تنها تن به بیعت نداده بلکه مانند اصحاب جمل، على (ع) را به قتل عثمان متهم کرده و خونخواهى از قاتلان عثمان را بهانه و دستاویز خود قرار داده بود . [1]

توجه به این مسئله ضروری است که: موضوع خونخواهى از قتل عثمان در آن روزها براى هر ستمکاری، دستاویز و بهانه‏اى براى فتنه انگیزى شده بود و عجب اینکه همان قاتلین عثمان ادعاى خونخواهى می کردند و کسى را متهم این ماجرا می نمودند که نه تنها در قتل عثمان دخالتى نداشت بلکه به منظور خیر خواهى او را نصیحت کرد و در موقع محاصره خانه‏اش به وسیله امام حسن(ع) براى رفع تشنگى او آب هم به منزل وى فرستاده بود ! [2]

بارى على (ع) نامه معاویه را پاسخ نوشت: بیعت من یک بیعت عمومى است و شامل همه افراد مسلمین می باشد اعم از کسانى که در موقع بیعت در مدینه حاضر بوده و یا کسانى که در بصره و شام و شهرهاى دیگر باشند و تو گمان کردى‏که با تهمت زدن قتل عثمان نسبت به من می توانى از بیعت من سر پیچى کنى و همه می دانند که او را من نکشته‏ام تا قصاصى بر من لازم آید و ورثه عثمان در طلب خون او از تو سزاوارترند و تو خود از کسانى هستى که با او مخالفت کردى و در آن موقع که از تو کمک خواست وى را یارى نکردى تا کشته شد . [3]

علی (ع)در موارد زیادی به روشن گری مردم و فریب های معاویه پرداخته اند.

برای اطلاع بیشتر به شروح نهج البلاغة و کتبی که در این زمینه نگاشته شده است مراجعه نمایید.

سومین گروهی که حضرت علی (ع)به جنگ با آنان پرداختند، خوارج بودند، آنان گروهی از پیروان علی (ع) بودند که در جنگ صفین به علت مخالفت با آن حضرت در جریان حکمیت از ایشان جدا شده اند و از راه اطاعت آن حضرت بیرون رفته و بر ایشان خروج کردند(اعلان جنگ کردند). از این رو به آنان مارقین نیز گفته می شود.

برای اطلاع از علل جنگ حضرت با خوارج، به سؤال 7299 (سایت: 7555)، نمایه علی (ع) و تردید برای خاموش کردن آتش فتنه معاویه و انحراف خوارج و سؤال 1587 (سایت: 2440)، کفر معاویه و صلح امام حسن(ع) مراجعه نمایید.