تؤدى صلاة الآیات بالکیفیة التالیة: صلاة الآیات رکعتان و فی کل رکعة خمس رکوعات، و یمکن أداؤها بکیفیتین، الأولى: یقرأ المصلی بعد النیة و التکبیر الحمد و سورة کاملة ثم یمضی إلى الرکوع، و بعد أن یرفع رأسه من الرکوع یقرأ الحمد و السورة مرة أخرى ثم یذهب إلى الرکوع و هکذا یکرر هذا العمل خمس مرات، و بعد أن یرفع رأسه من الرکوع الخامس یأتی بسجدتین ثم ینهض للرکعة الثانیة فیأتی بها بالکیفیة التی أدى بها الرکعة الأولى، ثم یتشهد و یسلم.

الکیفیة الثانیة: بعد النیة و التکبیر و قراءة الحمد، یقسم آیات إحدى السور إلى خمس أقسام و یقرأ منها آیة أو أکثر ثم یذهب إلى الرکوع ثم یرفع راسه و یقرأ القسم الثانی من السورة دون قراءة الحمد ثم یرکع و هکذا حتى یتم السورة قبل الرکوع الخامس فمثلاً لو اختار سورة التوحید تکون صلاته على النحو التالی یقول: « بسم الله الرحمن الرحیم» ثم یرکع، ثم یقف و یقول: «قل هو الله أحد» ثم یرکع ثم یقف و یقول: «الله الصمد» ثم یرکع، ثم یقف و یقول: «لم یلد و لم یولد» ثم یرکع ثم یقوم و یقول: «و لم یکن له کفواً أحد» ثم یذهب إلى الرکوع الخامس، و بعد أن یرفع رأسه یأتی بسجدتین، و هکذا یؤدی الرکعة الثانیة بنفس الطریقة ثم یتشهد و یسلم.

و علیه و طبقاً لرأی الإمام الخمینی و أکثر الفقهاء المعاصرین یمکن اعتبار «بسم الله الرحمن الرحیم» آیة ثم تقسم السورة إلى أربعة أقسام و تؤدى الصلاة.

و لکن بعض المراجع یقول، و من جملتهم آیة الله السیستانی: لا بد من الإتیان بجملة تامة و أن یکون الشروع من أول السورة، و لا یکتفى بقول «بسم الله» ثم الذهاب إلى الرکوع.... و فی اختیار سورة الفلق مثلاً یقول أولاً: «بسم الله الرحمن الرحیم قل أعوذ برب الفلق» ثم یذهب إلى الرکوع ثم یقف و یقول: «و من شر غاسق إذا وقب» ثم یذهب إلى الرکوع ثم یقف و یقول: «و من شر النفاثات فی العقد» ثم یذهب إلى الرکوع ثم یقف و یقول: «و من شر حاسدٍ إذا حسد»[1].